Управляли подворьем монахи афонской обители. Строителем и первым настоятелем подворья почти 20 лет был иеромонах Паисий, считавший основание русской церкви в Константинополе самым главным делом своей жизни. Он был членом-сотрудником Императорского Православного Палестинского Общества. Родом из оренбургских казаков, в рядах которых он прошел недолгую службу, после чего он начал свой духовный подвиг монахом Афонского Пантелеимонова монастыря. С Афона о. Паисий был направлен игуменом обители в Царьград (Константинополь) для строительства подворья, и весь отдался своему послушанию. Результатом его трудов стало Пантелеимоново подворье — огромное 6-ти этажное, ставшее русской странноприимницей.
Паломник после сутолоки пароходной жизни и Галатской суеты оказывался на подворье под материнским крылышком добрых афонитов, которые заботились о нем, как о родном. Монахи не только давали приют, но и водили по всем святыням Константинополя, и потом провожали на пароход, отправляя паломников далее.
Монахи служили напутственные молебны для паломников. Для богослужений на верхнем, шестом этаже странноприимницы был устроен уютный храм под небольшим византийским куполом в окружении террасы, по которой совершали крестные ходы или устраивали на ней общую трапезу во время праздников. Чин освящения церкви совершил греческий Патриарх Иоаким III 2 февраля 1879 года. Двухъярусный резной иконостас и образа в нем были исполнены в монастырских мастерских на Афоне.
Справа от иконостаса стоит киот с иконой вмч. Пантелеимона, написанный в 1898 году в Свято-Пантелеимоновом монастыре на Афоне специально для этого храма, слева — большой образ свт. Николая Чудотворца, сооруженный в 1949-м в честь десятилетия эмигрантской общины. Напротив — киот с иконой Владимирской Божией Матери, от которой в 1891-м в Москве произошло чудо с монахиней Митрофанией. По преданию, икону Божией Матери «Владимирская» подарила храму монахиня из России, насельница Вознесенского женского монастыря Митрофания. В 1879 году, отправляясь поклониться Гробу Господню, она остановилась на Пантелеимоновом подворье. Икону, с которой она никогда не расставалась, — таково было родительское благословение, — она разрешила временно разместить в здешнем храме, поскольку в недавно основанном храме было еще мало образов. Монахи уговорили Митрофанию оставить свою икону хотя бы на время путешествия. Монахиня согласилась, но очень тосковала по иконе.
Через девять лет она отправилась на Синай, и по пути в Россию все-таки забрала свою икону с собой. Однако вскоре по возвращении домой она тяжело заболела: ее лицо начало буквально «гнить заживо». Доктора не находили средств, чтобы ее вылечить и сулили ей скорую кончину. На праздник Успения Божией Матери Митрофания закутала свое лицо и пошла в Успенский Собор, где горько плакала и просила помощи у Богородицы. Неожиданно к ней подошла незнакомая женщина, спросила: «Вы из Константинополя икону взяли?» и приказала вернуть образ в храм Пантелеимонова подворья. Женщина тут же отошла и исчезла. Сколько ни искала ее монахиня, найти не могла. Но запомнила слова незнакомки: «Верни икону на место, и ты поправишься». Как только Митрофания подготовила икону к отправке в Константинополь, ее болезнь прекратилась.
Прожив длинную жизнь, матушка Митрофания больше никогда не болела. А икона и по сей день хранится в подворье... Это предание, записанное в 1891 году в Москве самой Митрофанией, в рамке под стеклом установлено рядом с иконой.
Писатель Глеб Успенский, не раз побывавший в Царьграде, в своих путевых заметках 1886 года так описывал свое пребывание на Пантелеимоновом подворье:
«Эта часть Константинополя называется Галата. Знакомство наше с нею начинается с того момента, когда лодка останавливается близ агентства Русского общества пароходства, о чем свидетельствует вывеска, закопченная каменноугольным дымом и прибитая к двухэтажному, ободранному, почерневшему, облупившемуся дому. Этот облупившийся, веющий гнилью и разрушением дом есть как бы прототип всей той гнили и грязи, с которыми нас сию минуту познакомит Галата в самых широких размерах.
Здесь же, в Галате, на самом юру и в самом близком расстоянии от агентства Русского общества, находятся три русских подворья, устроенных на средства монахов Афонской горы и предназначенных для приема русских паломников, отправляющихся на Афонскую гору, в Иерусалим и возвращающихся оттуда обратно. На одном из этих подворий, Пантелеимоновом, мне пришлось ночевать несколько ночей. Это самое лучшее, роскошнейшее из подворий; к каждому русскому пароходу, приходящему из Одессы, Севастополя и Александрии, оно высылает монаха, который и приглашает с собой русских богомольцев. На обратном пути из святых мест богомольцы идут совершенно обнищалые, и Пантелеимоново подворье на один только прокорм этих обнищалых богомолов тратит огромное количество пудов хлеба. Богомольцы, живя на подворье, получают помещение, пищу, чай, словом, все готовое, и платят кто что может.
Дом, принадлежащий подворью, — одно из лучших зданий Галаты: он обширен, в четыре этажа, прочен, солиден. В больших просторных сенях справа помещается лавка, где продают образа, фотографии, божественные книжки и какие-то афонские лекарства в пузырьках; отсюда же, из сеней, идет широкая каменная лестница во второй этаж и выше, в номера; они светлы, просторны, чисты, только подушки на кроватях жестки до помрачения ума…»
Совершивший паломничество на Афон летом 1894 г. вятский священник Александр Трапицын (впоследствии архиепископ Самарский, расстрелянный в 1937 г. и прославленный в 2000 г. в лике новомучеников и исповедников Российских) в своих, опубликованных в «Вятских епархиальных ведомостях», путевых записках так описывал быт паломников в Константинополе: «Пройдя по двум-трем узким и переполненным собаками переулкам, мы дошли до Ильинского подворья. Все русские афонские подворья — Ильинское, Пантелеимоново и Андреевское — расположены в Галате, в близком соседстве одно с другим. Подворья построены специально для русских поклонников, отправляющихся в Святую Землю и на Афон, и составляют великое благо для них: под кровлей подворий русский паломник находит мирный уголок России и после шума и гама и всего, что он видит и слышит на улицах турецкой столицы, ему приятно здесь отдохнуть. Дома подворий довольно обширные, в несколько этажей и выстроены скорее в европейском, чем азиатском вкусе. При каждом подворье имеется церковь, где богомольцы ежедневно могут слушать богослужение на родном языке. Комнаты для паломников светлы и опрятны; нет в них излишних затей, но есть всё необходимое; комнаты имеются и общие, и отдельные. Пища в подворьях предлагается одинаковая с братской; определенной платы за нее не назначается, а каждый платит по своим средствам».
Воспоминания о пребывании на Пантелеимоновом подворье в Константинополе оставил И. П. Ювачев. Их можно прочитать на страницах его книги «Путешествие в Палестину», напечатанной в семи книгах «Исторического вестника» в 1902 году:
«В Константинополе, как и в Одессе, недалеко от пристани, стоят рядом три больших подворья афонских монастырей. Чтобы быть последовательным, я опять остановился в подворье Пантелеимонова монастыря. Здешний монах-гостиник, красивый, здоровый человек, был не менее внимателен к своим гостям, чем одесский. Да и номера, пожалуй, здесь будут почище. За общим чаем паломники вместе с гостиником выработали план обозрения Константинополя и его древностей. За два дня пребывания в Константинополе мы многое успели осмотреть в нём; и так как все поездки происходили большими группами, то они нам обходились сравнительно недорого. Проводниками паломников были здешние монахи. Они хороши, как честные люди, искренно желающие услужить паломнику и защитить его от лишних поборов со стороны охранителей мечетей, но слабоваты в истории. Впрочем, у многих паломников среднего класса были в руках путеводители, — а потому и с этой стороны мы до некоторой степени были удовлетворены».
В годы Первой мировой войны Пантелеимоново подворье, как и все афонские подворья, было закрыто турками. В нем, как и еще на пяти подворьях, была устроена казарма австрийских солдат, а Андреевское и Ильинское подворья использовались под склады. Монахи были интернированы, храм подвергся частичному разорению и разграблению.
После окончания Первой мировой войны афонские подворья были освобождены от австрийских казарм, в них разместились русские военнопленные.
В годы Гражданской войны подворье помогало выжить многочисленным беженцам из советской России. Монахи помогали вынужденным переселенцам оформить документы, найти пристанище и работу.
В 1920-е годы русская община в Стамбуле насчитывала многие тысячи человек. Большинство из них были представители интеллигенции и высших сословий, многие происходили из священнических семей. Усилиями этих людей столица турецкого государства на несколько десятилетий стала крупнейшим центром русской православной церковности. Русские люди, оказавшиеся на чужбине, благодаря Церкви не чувствовали себя оторванными от родины.
В 1923–1925 гг. свои права на подворья русских афонских обителей в Константинополе заявило советское правительство, но безрезультатно, так как они официально находились в юрисдикции Вселенского Патриарха и никогда не принадлежали российскому государству. В декабре 1929 года грянула новая беда — турецкое правительство реквизировало все подворские здания в качестве достояния «старого русского императорского правительства». Храмы были опечатаны, в странноприимницах разместились турецкие заведения и жильцы. Русские святогорцы стали отстаивать свои права. В 1932 году в спор вступил СССР, опять начав претендовать на афонские подворья в Галате. Отстоять подворья помогли русские эмигранты и Вселенский Патриарх.
В эти трудные годы монахи на подворьях при любой возможности продолжали оказывать помощь русским беженцам, и постепенно вокруг храмов разрастались русские общины прихожан, принадлежавшие к РПЦЗ.
В 1960-е гг. управление зданиями стамбульских подворий русских афонских обителей было передано «Обществу помощи бедным прихожанам святого Пантелеимона, святого Андрея, святого Ильи православных церквей». Чтобы собрать средства для помощи нуждающимся, общество организовывало концерты, устраивало чаепития, благотворительные праздники для детей и балы для молодежи, а также сдавало в аренду туркам квартиры на нижних этажах подворских зданий. На собранные средства оказывалась помощь в организации лечения, обучения, похорон и т.п.
Со временем Пантелеимоново подворье превратилось в обычный жилой дом, где живут бывшие русские и стамбульские греки, а также турки. Но храм сохранил свое предназначение.