Судьба храмов Красноярской Епархии драматична, как и судьба всех церквей России. К началу Великой Отечественной войны в результате антицерковной государственной политики на территории Красноярского края практически не осталось ни одного действующего храма.
Большинство из них были разрушены или приспособлены под хозяйственные нужды. Немногочисленные оставшиеся были закрыты. Трудами назначенного в 1990 г. на Красноярскую кафедру Архиепископа Антония, священства и прихожан к 2007 г. возрождено уже более 230 храмов.
До революции почти в каждом храме Енисейской Епархии хранились частицы мощей святых, почитаемых в православном мире, раки с мощами святых местночтимых. 7 десятилетий Советской власти пагумным образом сказались и на судьбе этих святынь. Мощи сжигались в музейных топках, выбрасывались на помойки и только некоторые святыни были спасены верующими с большим риском для жизни.
В годы возрождения Красноярской Епархии были вновь обретены мощи особо почитаемого в Сибири мученика Василия Мангазейского, которые пребывают ныне в Туруханском Свято-Троицком монастыре. По последним данным вновь обретена могила праведного Даниила Ачинского (в городе Енисейске), считавшаяся невозвратно утраченной.
В середине 90-х годов XX столетия по инициативе Правящего Архиерея в ранги местночтимых святых был прославлен святитель Лука Красноярский и Крымский (Войно-Ясенецкий; 1877—1961), знаменитый хирург, архиепископ Красноярский и Енисейский в 1943—1944 гг., особочтимый красноярцами исповедник ХХ века. Архиерейским Собором Русской Православной Церкви 2000 года он прославлен в сонме новомучеников и исповедников Российских. Тогда же в Собор новомучеников и исповедников Российских включены были от Красноярской Епархии епископ Енисейский Амфилохий (Скворцов; 1885—1937) и другие служители Церкви Христовой — красноярские священники, принявшие мученический венец в ХХ веке.
Во многих храмах Епархии хранятся ныне и частицы мощей святых, почитаемых Русской Православной Церковью.
По милости Божией, стараниями красноярского священства и паствы были спасены от надругательства и уничтожения некоторые из особо почитавшихся до революции святынь — чудотворных икон. Икона Преображения Господня, традиционно считающаяся чудотворной хранительницей г. Красноярска, хранится ныне в Красноярском краеведческом музее. В июне 2004 г. на время празднования Дня города крестным ходом икона была торжественно принесена на несколько дней в Свято-Покровский Кафедральный Собор г. Красноярска. В Св.-Троицком храме села Казаченского особо почитаема чудотворная Казанская икона Божией Матери. Старинные, мироточивые, особо чтимые прихожанами св. иконы есть и в других храмах Красноярской Епархии.